Instancia de representación nacional que coordina el SNCAE, compuesto el Ministerio del Medio Ambiente (MMA), en el rol de secretaría ejecutiva, Ministerio de Educación (MINEDUC), la Corporación Nacional Forestal (CONAF), la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, Ciencia y Cultura (UNESCO), el Ministerio de Energía (MINENERGIA), la Agencia de Sostenibilidad Energética, la Dirección de Educación Pública, la Subsecretaría de Educación Parvularia, la Junta Nacional de Jardines Infantiles (JUNJI) y Fundación INTEGRA.
Está integrado por las oficinas regionales de las instituciones miembros del Comité Nacional. Dependerá de cada región del país, la decisión de incorporar otras organizaciones públicas o privadas.
El órgano que desarrolla el proceso de certificación en el establecimiento; se denomina Comité Ambiental del Establecimiento. Es de carácter multiestamental para asegurar la participación y toma de decisiones democráticas de toda la comunidad educativa. En ese sentido, debe estar constituido por el director o directora del establecimiento educativo; un representante del centro de padres y apoderados; un representante de los docentes; un representante de los asistentes de la educación; un representante de los estudiantes; y un representante de una organización social local.